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自然人轉讓股權時，適用的個人所得稅稅率通常比使用合伙企業持股時要高。這是因為自然人股東的所得是按照其收入總額計算的個人所得稅，而合伙企業的所得則是根據每個合伙人的分紅比例來計算的。因此，如果一個人在合伙企業中擁有大量股份，那么他/她可能會面臨更高的個人所得稅負擔。
然而，在某些情況下，使用合伙企業持股可能是一種更好的選擇：
1.避免雙重征稅：合伙企業可以被視為獨立的納稅實體，從而避免了雙重征稅的問題（即對同一筆交易分別征收公司利潤和個人所得稅）。這對于那些希望減少稅收負擔的人來說是一個重要的考慮因素。
2.提高效率：合伙企業可以通過內部決策和分配利潤的方式更加高效地管理投資組合，并更好地實現投資目標。相比之下，自然人投資者可能需要花費更多的時間和資源來處理投資決策和管理問題。
3.更低的資本利得稅：合伙企業股東的分紅通常不需要繳納資本利得稅，因為他們的收益是基于他們所持有的股份的價值而不是基于利潤。這有助于降低股東的投資成本。
綜上所述，在決定是否采用合伙企業或直接持有股票時，應該綜合考慮各種因素，包括稅務、投資目標和風險承受能力等。
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